Depuis une vingtaine d'années, la qualité de l’eau de la Bourbre et de ses affluents tend à s’améliorer ou à se stabiliser. Elle reste néanmoins moyenne voire médiocre, en raison de pollutions liées aux nitrates, pesticides, métaux lourds et à d’autres substances dangereuses.

Les eaux des nappes souterraines présentent des taux de nitrates et de pesticides élevés mais globalement conformes aux normes de potabilité. Des pics de dépassement sont parfois décelés et incitent à une vigilance particulière sur les ressources utilisées pour l’alimentation en eau potable.

La qualité des eaux est un enjeu important pour le SMABB, qui agit notamment sur la démarche captage prioritaire, et sur le PAEC de la Bourbre.