Depuis une vingtaine d'années, la qualité de l’eau de la rivière Bourbre et de ses affluents tend à s’améliorer ou se stabiliser. Néanmoins, elle reste moyenne voire médiocre en raison de pollutions liées aux nitrates, produits phytosanitaires, métaux lourds et autres substances dangereuses.

Les eaux des nappes souterraines du bassin présentent des taux de nitrates et de produits phytosanitaires plutôt élevés. Les pics supérieurs aux normes de distribution ponctuellement observés incitent à une vigilance particulière sur les ressources utilisées pour l’alimentation en eau potable.

La protection et l’amélioration de la qualité des eaux est un enjeu important pour l’EPAGE de la Bourbre, qui agit notamment via la démarche « captages prioritaires » et le Projet Agro-Enivronnemental et Climatique (PAEC) de la Bourbre.